Polttoainesuodattimen vaihto tulee jättää asiantuntijoiden tehtäväksi, sillä osa sijaitsee usein vaikeasti käsiksi päästävässä paikassa, joten sen irrottaminen on hankalaa itse. Lisäksi töiden lopettamisen jälkeen on tärkeää täyttää suodatin polttoaineella ja vuodattaa polttoainejärjestelmä. Yleensä moderneissa autoissa on kaksi polttoainesuodatinta: karkea verkkosuodatin ja sileä suodatin. Tämä pätee autoihin, jotka toimivat bensiini- tai dieselmoottorilla. Karkea verkkosuodatin on suunniteltu pysäyttämään pienimmät hiukkaset ja saattaa sijaita polttoainesäiliössä tai konepellin alla tai auton alla polttoainepumpun edessä tai takana.

Dieselpolttoaineella toimivien autojen polttoainesuodattimet tulee vaihtaa aina öljynvaihdon yhteydessä, keskimäärin 10 000 – 15 000 ajokilometrin välein. Bensiinimoottorilla varustetuissa autoissa osat kestävät pidempään: ne tulee vaihtaa joka toisen tai kolmannen öljynvaihdon yhteydessä, noin 20 000 – 30 000 ajokilometrin välein. Ylimääräinen uuden polttoainesuodattimen asennus tulisi suorittaa, jos huomaat polttoaineen kulutuksen kasvaneen, moottorin tehon tai auton dynamiikan heikenneen tai joitakin muita merkkejä, jotka kielivät tämän osan hajoamisesta.

Kannattaa asentaa valmistajien, kuten Bosch, Champion, Febi Bilstein, Filtron, Knecht, Stark Professional Line, Magneti Marelli, Ridex, delphi, Mahle Original, Mann-filter, Mapco, Swag, Topran, Vaico tai Valeo, suodattimia. Näiden yritysten suodattimet ovat korkealaatuisia ja kestävät pitkään. Lisäksi on tärkeää valita osa, joka on ajoneuvosi teknisten vaatimusten mukainen. Esimerkiksi dieselmoottoreissa polttoainesuodatin saattaa polttoaineen saasteista puhdistamisen lisäksi poistaa kosteutta.